Počátkem roku 1886 zveřejnil T. G. Masaryk v časopise Atheneum příspěvek filologa Jana Gebauera o potřebě dalšího zkoumání pravosti Rukopisů královédvorského a zelenohorského. Sám příspěvek podpořil vlastní statí.
Rukopisy královédvorský a zelenohorský vznikly na počátku 19. století jako padělky. Jejich autoři se s pomocí takzvaně náhodně nalezených Rukopisů snažili dokázat, že česká literární tvorba má mnohem starší historii, než bylo doposud známo. Ve společnosti vyvolal objev Rukopisů obrovskou senzaci. Jejich existence podpořila národní sebevědomí a Rukopisy se staly zdrojem inspirace mnoha umělců. Bohužel, přestože šlo o falza, obhajovalo jejich pravost i mnoho vědců.
Kritický článek o Rukopisech v Atheneu vyvolal velmi negativní reakce a zapříčinil tak ostrý spor mezi zarytými obhájci pravosti Rukopisů a vědci, kteří se snažili na základě vědeckých podkladů dokázat, že jde o padělky a přesvědčit tak společnost, že česká historie a kultura by se neměla opírat o falešné spisy. Na stranu T. G. Masaryka a Jana Gebauera se přidal historik Jaroslav Goll, estetik Otakar Hostinský a fyzik a astronom August Seydler. Do celé aféry se vložil tisk, který velmi ostře útočil na T. G. Masaryka i jeho kolegy a poštvával tak proti nim celou společnost.
Proti Masarykovi, který byl hlavním organizátorem rukopisného boje, se zvedla velká vlna odporu. Vznikaly proti němu i různé hanlivé básničky, například tato: “Vás věru nezrodila matka česká, spíš netvorná, zlo sálající saň, jež nad hlavou nám perutěmi pleská a stále žádá krve naň.“ Národní listy dokonce otiskly nad profesorem Masarykem veřejnou klatbu: „Jdi k čertu, ohavný zrádče, přimkni se se svou pochybnou duševní troškou a se svou mravní mizerií, ke komu chceš. Jen neopovažuj se už ani užívati našeho posvátného jazyka a pokáleti jej svým podlým duchem a otravným dechem. Jdi, přimkni se k nepříteli, jemuž sloužíš. Zapomeň, že jsi kráčel po české půdě. My tě z našeho národního těla vylučujeme jako šerednou hlízu. Jdi, utec z této svaté země, než se pod tebou otevře, aby tě pohltila.“
Rukopisné boje měly negativní vliv i na Masarykovu kariéru a o několik let odsunuly jeho jmenování řádným profesorem na pražské univerzitě. T. G. Masaryk se také musel vzdát
redigování Ottova slovníku naučného, aby svým jménem nepoškozoval projekt, který sám vytvořil.
Rukopisný boj se odehrával především na stránkách časopisu Atheneum. Negativní vlně ve společnosti zaměřené proti odpůrcům pravosti Rukopisů v čele s T. G. Masarykem ustoupil nakonec i nakladatel Athenea J. Otto, který dál odmítl časopis vydávat. T. G. Masaryk proto začal Atheneum vydávat sám vlastním nákladem.
Přes všechna úskalí se nakonec přece jen podařilo přesvědčit společnost o pravdě a na základě mnoha vědeckých disciplin byly rukopisy prohlášeny za falešné. To však zdaleka nebyl poslední Masarykův boj.