V roce 1899, v době, kdy začala „hilsneriáda“, bylo Tomáši Garrigue Masarykovi, profesorovi na pražské univerzitě, čtyřicet devět let. V té době patřil mezi přední osobnosti veřejného života. Veřejností byl ale přijímán různě. Jeho stoupenci ho zbožňovali až k pochlebování, naopak jeho odpůrci se k němu chovali velmi nepřátelsky, až vulgárně.

Masaryk odmítal ve společnosti jakékoli zakořeněné konvence, které pokřivovaly reálný pohled na skutečnost. Jeho nejvyšší metou byl vždy pravdivý, nezaujatý pohled na věc i za cenu vlastní nepopularity, což prokázal už v „bojích o Rukopisy“.

Hilsnerova aféra začala v březnu 1899 u městečka Polná na Vysočině, kde byla nalezena zavražděná mladá dívka z nedaleké obce Věžnička Anežka Hrůzová. Z brutálního činu, který byl bez příčiny označen za židovskou „rituální vraždu“, byl obviněn mladík židovského původu jménem Leopold Hilsner.

V době Hilsnerova procesu trávil profesor Masaryk letní dovolenou se svojí rodinou ve Chvalčově Lhotě u Bystřice pod Hostýnem. Zprvu se o případ nijak nezajímal, ale ještě před návratem do Prahy ho zastihl dopis od rakouského historika a sociologa Sigmunda Münze, který si v souvislosti s hilsnerovým případem stěžoval na velmi antisemitistický postoj českého tisku, negativně ovlivňující celou společnost.

Profesor Masaryk odpověděl svému bývalému studentovi dopisem, kde odsoudil pověru o „rituální vraždě“ a souhlasil i s uveřejněním svého dopisu v deníku Neue Freie Presse. Aniž by tušil, rozpoutal tak proti sobě vlnu nepopularity a útoků.
Ve svých Hovorech na období hilsneriády Masaryk vzpomíná takto: „Zlá kampaň byla ta „hilsneriáda“, když jsem se musel rvát s pověrou o rituální vraždě. Já jsem se zprvu o ten Hilsnerův proces nezajímal, ale přijel za mnou můj bývalý žák z Vídně, spisovatel Sigismund Münz, Moravan, a ten mě přiměl k tomu, že jsem vystoupil. O rituální pověře jsem znal knihy berlínského teologa Starcka, který vypsal vznik a historii té pověry. Řekl jsem panu Münzovi svůj názor o věci a on to oznámil veřejnosti v Neue Freie Presse. Tím jsem se dostal do té mely.“

V rozhodnutí aktivně vystoupit proti nemyslné pověře a falešnému mysticismu utvrzovalo profesora Masaryka také zjištění, že i zástupci české inteligence, dokonce profesoři univerzity připouští existenci něčeho takového jako je „rituální vražda“.

T. G. Masaryk se postupně začal seznamovat se všemi podrobnostmi Hilsnerova procesu. Studoval soudní protokoly, zabýval se kriminalistickými postupy a fyziologií, konzultoval své názory s různými odborníky. Sotva dva měsíce po svém prvním vystoupení v deníku Neue Freie Presse, vydal brožuru „Nutnost revidovati proces polenský“, kde bod za bodem rozebíral neopodstatněnost jednotlivých důkazů a polenský proces připodobňoval k Dreyfusově aféře. Pověru o rituální vraždě T. G. Masaryk rázně odmítal: „Že by rituální vražda vyplývala z ducha náboženství židovského, to právě křesťan nesmí tvrdit; křesťan přejímá přece Starý zákon, a ten že by měl takového ducha? Ani v talmudu rituální vražda se nehlásá. Není také žádné tajné sekty praktikující vraždu rituální.“

Masarykova brožura logicky oslabovala argumenty obhajující rituální vraždu. Sám Masaryk si byl jistý, že po jejím vydání a uveřejnění v tisku bude muset dojí k revizi celého případu. Proti vydání brožury se ale postavilo státní zastupitelství a zakázalo její distribuci. T. G. Masaryk byl dokonce úřady obviněn za narušování klidného průběhu soudního procesu s Leopoldem Hilsnerem. Na T. G. Masaryka začal útočit tisk. Ve velmi ostrých článcích byl bezostyšně obviňován z korupce a skrytých úmyslů.

T. G. Masaryk na to opět vzpomíná ve svých Hovorech: „Vídeňští antisemité poštvali český nacionální a klerikální tisk, začali tlouci do mne – nu, musel jsem se bránit; když už jsem řekl A, řekl jsem i B a C. Musel jsem k tomu študovat kriminalistiku i fyziologii; o tom všem jsem tenkrát dal veřejnosti podrobnější zprávu. Zajel jsem i do Polné, abych prohlédl místo zločinu a jeho okolí. Pak řekli, že jsem za to placen od Židů.“

Útoky proti Masarykovi v tisku brzy následovaly demonstrace studentů. Rozvášněný dav mladíků se chystal vypískat svého profesora z přednášky. Ten se však kvůli nemoci nemohl dostavit, a tak se studenti vydali až k jeho pražskému bytu v Thunovské ulici. T. G. Masaryk na to vzpomíná ve svých Hovorech takto: „ Večer přišli demonstranti k mému bytu: já jsem ležel zachlazen, a tu má žena sešla k demonstrantům na ulici a řekla jim, že ležím, ale chtějí-li se mnou mluvit, ať pošlou ke mně deputaci. Nepřišli.“

Studentský dav musela nakonec rozehnat policie a děkanát univerzity raději udělil profesoru Masarykovi čtrnáctidenní dovolenou. Přesto se profesor Masaryk ještě pokusil se svými studenty vyjednávat a rozhodl se jít přednášet. Na nádvoří univerzity a v posluchárně ho už očekávalo přes tisíc dvě stě studentů, kteří skandovali různá hesla jako „Židovský zaprodanče!“ nebo „Pereant! Hanba! Abzug!“ a další. Masaryk si proklestil cestu do posluchárny a pokusil se promluvit, ale přes pískot, výsměch a nadávky studentů se mu to nepodařilo. Začal proto své názory psát na tabuli, ale ani tímto způsobem se mu nepodařilo se studenty navázat dialog.

T. G. Masaryk stále neochvějně obhajoval své stanovisko k rituální pověře: „Řekl jsem veřejně, že nevěřím v rituální vraždu a že zejména proces polenský této vraždě nedokazuje. Mínění to nevyslovil jsem pouze, nýbrž také odůvodnil. A to se v českém národě nesmí? Že se nesmí samostatně myslit a vědecky pracovat? Moje kritika procesu polenského je stejnou vědeckou prací jako jiné mé práce vědecké.“

Polenský případ s odsouzením Leopolda Hilsnera pak ve společnosti postupně vyšuměl. Hilsner dostal milost a po devatenácti letech dožil jako neznámý muž ve Vídni. Jeho případ nebyl nikdy revidován.

Přestože byla hilsneriáda pro T. G. Masaryka i jeho rodinu velmi těžkou životní zkouškou, přiznával později sám Masaryk, že mu přece jen ohlas aféry velmi pomohl později za války v době budování československého státu. „Za války jsem pochopil, k čemu to také bylo dobré: světový tisk je zčásti řízen nebo financován od Židů; znali mně z Hilsnerovy aféry a teď se odvděčili tím, že psali o naší věci sympaticky nebo alespoň slušně. Politicky nám to hodně pomohlo.“