Tomáš Masaryk se narodil dne 7. března 1850 v Hodoníně. Jeho otec, Josef Masaryk, původem Slovák ze západního pohraničí Uher, pocházel z chudé nevolnické rodiny a v Hodoníně pracoval jako kočí na panském statku. Masarykova matka, Terezie, rozená Kropáčková, pocházela ze zámožného měšťanského rodu a na panském statku v Hodoníně pracovala jako kuchařka.
Přestože si byli Masarykovi rodiče nerovní v původu, ve vzdělání i věku (Terezie Kropáčková byla o deset let starší než Josef Masaryk), bylo jejich manželství bezproblémové a harmonické. Tomáš Masaryk byl nejstarším dítětem v rodině, postupně se Terezii narodily ještě čtyři děti, ale přežily pouze dvě – Martin a Ludvík.
Rodině se v panských službách nevedlo špatně, Josef Masaryk jako panský kočí mohl rodinu v rámci chudých poměrů dobře zabezpečit a později byl dokonce povýšen na drába. Kvůli otcově povolání se Masarykovi často stěhovali po různých místech jižní Moravy. Tomáš Masaryk navštěvoval obecné školy v Hodoníně, v Čejkovicích a v Čejči. V letech 1861 – 1863 navštěvoval reálku v Hustopečích . V roce 1864 ho rodiče poslali do Vídně, aby se zde vyučil zámečníkem. V učení se mladému Tomášovi ale nelíbilo, nevyhovovala mu jednotvárná výrobní práce a také si nerozuměl se svými vrstevníky. Spolubydlící mu dokonce sebral jeho oblíbené knihy. Proto se rozhodl už po šesti týdnech pro návrat k rodičům do Čejče, kde raději nastoupil do učení ke kováři. Práce, kde bylo potřeba síly a zručnosti, se Tomáši Masarykovi líbila a byl již rozhodnutý se kovářství věnovat doživotně. Záhy se ale u kovářské dílny setkal se svým bývalým profesorem z reálky Francem Ludwigem, který přemluvil Masarykovy rodiče, aby Tomáše poslali jako podučitele do čejkovické školy.
V roce 1865 se Tomáš Masaryk přihlásil do německého gymnázia. Podařilo se mu složit zkoušky do sekundy a díky výbornému prospěchu se mu postupně podařilo získat stipendium. Ve druhém semestru sekundy byl navíc přijat jako vychovatel v bohaté rodině policejního ředitele Antona Le Monniera.
Ve třídě brněnského gymnázia byl Tomáš Masaryk nejstarší a největší ze třídy. Považoval sám sebe již za dospělého a často se dostával do konfliktů s profesory. Předmětem jednoho z mnoha sporů se stala také Masarykova zkrachovalá láska k jedné dívce, která byla profesory vnímána jako studentův mravní poklesek. Masaryk také neustále odmítal chodit k povinné zpovědi. Jednou si nechal mladého Masaryka zavolat sám ředitel školy. Snažil se mu domluvit a přimět ho k plnění církevní povinnosti, jde přece jen o formalitu a ani on sám těm „kněžským nesmyslům nevěří“. Na to Masaryk velmi ostře zareagoval: „Kdo jedná proti svému přesvědčení, je darebák!“ Rozzlobený ředitel chtěl studenta udeřit, ale ten na něho vzal pohrabáč. Incident málem skončil Masarykovým vyloučením ze všech rakouských ústavů. Naštěstí za ním stál policejní ředitel Anton Le Monnier. Případ zůstal mezi studentem a ředitelem a mladý Masaryk v tichosti dokončil ročník. Další rok ho Le Monnier vzal s sebou do Vídně, kam se s celou rodinou přestěhoval a kde pak Tomáš Masaryk v roce 1872 úspěšně odmaturoval na akademickém gymnáziu .
Po gymnaziálních studiích se Masaryk nejprve rozhodl pro studium klasické filologie, ale později u něho zvítězil zájem o filozofii. Na filozofické fakultě ho velmi ovlivnil profesor filozofie Franz Brentano.
Franz Brentano pocházel z proslulé katolické rodiny z jižního Německa. Původně si zvolil dráhu katolického duchovního. Svým neortodoxním přístupem se ale dostal do konfliktu s církví a roku 1873 z ní vystoupil. Věnoval se pak především filozofii a psychologii. Na vídeňské univerzitě přednášel od roku 1874. Svým pojetím moderní filozofie, klidným a věcným vystupováním na přednáškách si dokázal získat oblibu většiny studentů. Tomáš Masaryk v něm nalezl výborného učitele a později také přítele.
Za studií ve Vídni se Tomáš Masaryk setkával s mnoha významnými vědci a mysliteli. Pravidelně se stýkal s rodinou profesora češtiny A. V. Šembery a v roce 1875 se stal předsedou Českého akademického spolku. Po smrti policejního ředitele Le Monniera, u kterého působil jako vychovatel, a měl tak zajištěný pravidelný finanční přísun, získal ještě výnosnější místo domácího učitele v rodině Rudolfa Schlesingera, generálního rady Anglo – rakouské banky.
V roce 1876 Tomáš Masaryk úspěšně obhájil svoji disertační práci „Podstata duše u Platóna“ a díky finanční podpoře Rudolfa Schlesingera mohl doprovázet jeho syna na studijní cestě po severní a střední Itálii a do Lipska.