Masarykovi se po svatbě usadili ve Vídni. Mladí manželé museli zpočátku řešit složitou finanční situaci. Tomáš Garrigue Masaryk neměl trvalý příjem a přivydělával si pouze kondicemi, suplováním latiny a přednáškami.
V roce 1879 se Tomáš Garrigue Masaryk úspěšně habilitoval se svojí prací „Sebevražda hromadným jevem společenským moderní osvěty“. Ve stejném roce se také narodila dcera Alice a o rok později syn Herbert. Tíživá finanční situace rodiny rostla. Naštěstí v roce 1882 dostal docent T. G. Masaryk nabídku od profesora Jana Kvíčaly na místo mimořádného profesora na pražské univerzitě, a tak se rodina se dvěma dětmi přestěhovala z Vídně do Prahy.
Po svém příjezdu do Prahy si Tomáš Garrigue Masaryk i jeho rodina musela zvykat na nové prostředí odlišné od Vídně. Postupně se seznamovali ze zástupci české inteligence a českými vlastenci. Žili bohatým společenským životem a společenských setkání se s manžely Masarykovými účastnily i jejich děti. V Masarykově domácnosti se často setkávali přední osobnosti tehdejší vědy a kultury. Masarykovi také často navštěvovali Náprstkův dům, který byl ve své době pokládán za významné centrum českého kulturního i společenského života.
Už od začátku svého působení v Praze se začal T. G. Masaryk plně věnovat přednáškám na univerzitě a vědecké práci. Od roku 1883 redigoval a aktivně přispíval do vědeckého časopisu Atheneum. Zde ve stati „Jak zvelebovati naši literaturu naukovou“ upozorňoval na nedostatek českých překladů odborné literatury, potřebu existence nové naučné encyklopedie a populárních časopisů. Také upozorňoval na potřebu založení české akademie věd. V roce 1884 vystoupil s přednáškou „O studiu děl básnických“ a v roce 1885 se pokusil o novou klasifikaci věd ve spise „Základové konkrétní logiky“.
V roce 1886 se profesor Masaryk aktivně zapojil do bojů o tzv. Rukopisy. V letech 1887 – 1888 navštívil T. G. Masaryk Rusko. Studoval zdejší poměry a své poznatky o Rusku prezentoval v roce 1913 ve svém doposud největším dvousvazkovém díle „Rusko a Evropa“. Při svém pobytu v Rusku navštívil T. G. Masaryk také spisovatele a filosofa Lva Nikolajeviče Tolstého.
Literárně nejbohatším obdobím se stala pro Tomáše Garrigue Masaryka 90. léta 19. století. V té době publikoval především v periodikách Naše doba a Čas a zároveň zpracoval mnoho významných studií. V roce 1895 vyšly jeho studie s názvem „Česká otázka“ a „Naší nynější krizí“, kde se pokusil formulovat český národní program. V letech 1895 – 1896 vydal své další práce „Jan Hus“ a „Karel Havlíček“. V roce 1896 následovala studie „Moderní člověk a náboženství“ a v roce 1898 „Otázka sociální“.
V letech 1902 a 1907 podnikl profesor Masaryk přednáškové turné po Americe, kde se seznamoval především s poměry českých přistěhovalců.